Protein–RNA interactions for Protein: P0CW19

LIMS3, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3P0CW19 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LIMS3P0CW19 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMS3P0CW19 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
LIMS3P0CW19 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
LIMS3P0CW19 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms