Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CPSF4O95639 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CPSF4O95639 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF4O95639 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4O95639 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms