Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VPS4BO75351 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VPS4BO75351 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VPS4BO75351 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VPS4BO75351 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VPS4BO75351 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VPS4BO75351 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VPS4BO75351 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.9 ms