Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SHOX2O60902 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
SHOX2O60902 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
SHOX2O60902 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHOX2O60902 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SHOX2O60902 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SHOX2O60902 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.7 ms