Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZU5

LMCD1, LIM and cysteine-rich domains protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMCD1Q9NZU5 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LMCD1Q9NZU5 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LMCD1Q9NZU5 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LMCD1Q9NZU5 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
LMCD1Q9NZU5 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LMCD1Q9NZU5 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
LMCD1Q9NZU5 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LMCD1Q9NZU5 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
LMCD1Q9NZU5 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
LMCD1Q9NZU5 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.31■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LMCD1Q9NZU5 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
LMCD1Q9NZU5 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.19■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.18■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.16■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.15■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
LMCD1Q9NZU5 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
LMCD1Q9NZU5 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
LMCD1Q9NZU5 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms