Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
NKX2-4Q9H2Z4 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.69■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.68■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.65■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
NKX2-4Q9H2Z4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.58■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
NKX2-4Q9H2Z4 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.53■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.16
NKX2-4Q9H2Z4 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
NKX2-4Q9H2Z4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
NKX2-4Q9H2Z4 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
NKX2-4Q9H2Z4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
NKX2-4Q9H2Z4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NKX2-4Q9H2Z4 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
NKX2-4Q9H2Z4 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
NKX2-4Q9H2Z4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NKX2-4Q9H2Z4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms