Protein–RNA interactions for Protein: Q99801

NKX3-1, Homeobox protein Nkx-3.1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 234 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX3-1Q99801 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX3-1Q99801 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
NKX3-1Q99801 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
NKX3-1Q99801 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
NKX3-1Q99801 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
NKX3-1Q99801 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
NKX3-1Q99801 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms