Protein–RNA interactions for Protein: Q96JB5

CDK5RAP3, CDK5 regulatory subunit-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDK5RAP3Q96JB5 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CDK5RAP3Q96JB5 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CDK5RAP3Q96JB5 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CDK5RAP3Q96JB5 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CDK5RAP3Q96JB5 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CDK5RAP3Q96JB5 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CDK5RAP3Q96JB5 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CDK5RAP3Q96JB5 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CDK5RAP3Q96JB5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CDK5RAP3Q96JB5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CDK5RAP3Q96JB5 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.48■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.46■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CDK5RAP3Q96JB5 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CDK5RAP3Q96JB5 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CDK5RAP3Q96JB5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.28
CDK5RAP3Q96JB5 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CDK5RAP3Q96JB5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CDK5RAP3Q96JB5 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CDK5RAP3Q96JB5 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CDK5RAP3Q96JB5 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CDK5RAP3Q96JB5 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CDK5RAP3Q96JB5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.7 ms