Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
ShhQ62226 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
ShhQ62226 4921531C22Rik-201ENSMUST00000150145 1905 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
ShhQ62226 Dtnb-211ENSMUST00000173240 2218 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Pard6a-203ENSMUST00000211888 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
ShhQ62226 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Tmem189-201ENSMUST00000006587 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Rundc3a-204ENSMUST00000107105 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
ShhQ62226 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Gsk3a-201ENSMUST00000071739 2260 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Clk2-203ENSMUST00000121931 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
ShhQ62226 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Terf2-203ENSMUST00000116425 2471 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ShhQ62226 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ShhQ62226 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Rras2-201ENSMUST00000069449 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Suds3-202ENSMUST00000166397 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ShhQ62226 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Dda1-209ENSMUST00000147642 1865 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ShhQ62226 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
ShhQ62226 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Gm26508-201ENSMUST00000181285 1516 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Tlx3-201ENSMUST00000037746 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Cetn4-201ENSMUST00000071400 1808 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Hdgf-201ENSMUST00000005017 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
ShhQ62226 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ShhQ62226 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ShhQ62226 5730480H06Rik-201ENSMUST00000030968 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
ShhQ62226 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
ShhQ62226 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Gsk3a-202ENSMUST00000108411 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Caap1-201ENSMUST00000030313 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Mypop-203ENSMUST00000131087 1951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
ShhQ62226 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 57 ms