Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.72■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.72■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC31.71■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC31.71■■■□□ 2.67
VPS53Q5VIR6 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.69■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.68■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.68■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC31.67■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC31.67■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.66■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC31.66■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.66■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC31.65■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.65■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC31.64■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.64■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.64■■■□□ 2.66
VPS53Q5VIR6 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.63■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC31.63■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC31.63■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.6■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC31.6■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.6■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.59■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC31.58■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC31.58■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC31.57■■■□□ 2.65
VPS53Q5VIR6 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.57■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.56■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.56■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
VPS53Q5VIR6 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC31.5■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC31.49■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC31.46■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
VPS53Q5VIR6 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC31.42■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.41■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC31.41■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
VPS53Q5VIR6 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
VPS53Q5VIR6 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC31.37■■■□□ 2.61
VPS53Q5VIR6 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
VPS53Q5VIR6 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
VPS53Q5VIR6 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC31.37■■■□□ 2.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms