Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Vps37b-201ENSMUST00000040967 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Dhrs13-203ENSMUST00000122342 1791 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Rnf40Q3U319 Agpat5-201ENSMUST00000033847 2841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Ei24-201ENSMUST00000115086 2220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Cadm1-202ENSMUST00000085909 2126 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 2510039O18Rik-201ENSMUST00000103232 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Pdcd4-201ENSMUST00000025931 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Brwd1-203ENSMUST00000113827 2382 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 H1f0-201ENSMUST00000180086 2287 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Rnf40Q3U319 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
Rnf40Q3U319 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
Rnf40Q3U319 Ppp1cc-202ENSMUST00000102528 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Rnf40Q3U319 Ubp1-204ENSMUST00000214095 2320 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Rnf40Q3U319 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
Rnf40Q3U319 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
Rnf40Q3U319 Ran-202ENSMUST00000111343 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
Rnf40Q3U319 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC24.95■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Iars2-202ENSMUST00000110974 2431 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Zswim5-201ENSMUST00000044823 5582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Rnf40Q3U319 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Abhd17b-201ENSMUST00000052556 2475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Ablim1-208ENSMUST00000111544 2231 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Rnf40Q3U319 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Ihh-201ENSMUST00000164097 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Jmy-202ENSMUST00000220513 1843 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Slc16a11-201ENSMUST00000094055 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
Rnf40Q3U319 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Gm11613-201ENSMUST00000134427 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 St7-205ENSMUST00000081635 2115 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Tfeb-202ENSMUST00000086932 2342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Mapk1-203ENSMUST00000115731 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Rnf40Q3U319 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Tsg101-201ENSMUST00000014546 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Artn-201ENSMUST00000070816 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
Rnf40Q3U319 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 8.2 ms