Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Gas2l1-201ENSMUST00000037146 2686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Gm26566-201ENSMUST00000181601 1038 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Gm527-203ENSMUST00000220993 1090 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Cgref1-201ENSMUST00000031051 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Snta1-202ENSMUST00000109728 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Snta1-201ENSMUST00000028991 2125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Nrtn-201ENSMUST00000044752 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Nans-201ENSMUST00000030018 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Rbms1-202ENSMUST00000112509 1806 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Wdr34-201ENSMUST00000113711 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Rtn4r-201ENSMUST00000059589 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Ei24-202ENSMUST00000163192 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Smad2-202ENSMUST00000091831 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Uncx-201ENSMUST00000172997 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Odc1-201ENSMUST00000171737 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Tmem260-208ENSMUST00000226400 2281 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Fam168b-201ENSMUST00000047534 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
Col28a1Q2UY11 Kansl2-202ENSMUST00000116400 2110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 1190005I06Rik-201ENSMUST00000123927 844 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Kcnmb4os2-201ENSMUST00000080943 1571 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Rnf115-201ENSMUST00000029740 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 St7-208ENSMUST00000115419 2194 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
Col28a1Q2UY11 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Eya2-202ENSMUST00000088132 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Fzd9-201ENSMUST00000062572 2293 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Tnfsfm13-203ENSMUST00000180587 2235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Gm45855-201ENSMUST00000212546 880 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Col28a1Q2UY11 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Popdc3-201ENSMUST00000019994 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Mat2b-201ENSMUST00000040167 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Gxylt1-202ENSMUST00000057896 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 A530058N18Rik-201ENSMUST00000128469 646 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Gm5601-202ENSMUST00000207161 1437 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Ube2f-202ENSMUST00000171112 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Gm15688-201ENSMUST00000161394 2418 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Zfp91-201ENSMUST00000038627 5531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Csnk1g2-201ENSMUST00000079773 2348 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
Col28a1Q2UY11 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Tor1a-201ENSMUST00000028200 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Efcc1-202ENSMUST00000159570 2293 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Six3-201ENSMUST00000162695 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Hnrnpl-201ENSMUST00000038572 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
Col28a1Q2UY11 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Nisch-222ENSMUST00000172142 2780 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Scrt2-201ENSMUST00000064061 3395 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Mcat-201ENSMUST00000061882 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Mypop-201ENSMUST00000059331 2173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Cd320-201ENSMUST00000002379 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Tspan33-201ENSMUST00000046750 1994 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Slc22a17-201ENSMUST00000050772 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Fam120aos-201ENSMUST00000180775 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Col28a1Q2UY11 Pura-201ENSMUST00000051301 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Col28a1Q2UY11 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35.5 ms