Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 MGAT1-213ENST00000506889 1104 ntTSL 220.35■□□□□ 0.856e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-214ENST00000507384 572 ntTSL 418.28■□□□□ 0.526e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.466e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.436e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-224ENST00000514438 607 ntTSL 416.99■□□□□ 0.316e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-223ENST00000514283 619 ntTSL 216.99■□□□□ 0.316e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-206ENST00000502678 693 ntTSL 415.89■□□□□ 0.136e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.116e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-205ENST00000446023 3175 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.016e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-208ENST00000504671 878 ntTSL 315.1■□□□□ 0.016e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-222ENST00000513431 555 ntTSL 215.1■□□□□ 0.016e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-220ENST00000512695 549 ntTSL 415.1■□□□□ 0.016e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-211ENST00000506269 564 ntTSL 414.15□□□□□ -0.146e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 MGAT1-207ENST00000504385 540 ntTSL 49.34□□□□□ -0.916e-10■■■■■ 63.4
SF3A3Q12874 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.12e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 RFLNA-203ENST00000389727 2385 ntAPPRIS P2 TSL 520.46■□□□□ 0.872e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-208ENST00000540009 753 ntTSL 320.41■□□□□ 0.862e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-212ENST00000542820 802 ntTSL 1 (best)19.6■□□□□ 0.732e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-210ENST00000541448 567 ntTSL 318.57■□□□□ 0.562e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-214ENST00000546098 474 ntTSL 417■□□□□ 0.312e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-204ENST00000538932 4321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.252e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.182e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-211ENST00000542493 591 ntTSL 415.46■□□□□ 0.072e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-203ENST00000537532 592 ntTSL 412.2□□□□□ -0.462e-12■■■■■ 63.1
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SF3A3Q12874 ZNF664-201ENST00000337815 4227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.562e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 ZNF664-213ENST00000543017 455 ntTSL 511.46□□□□□ -0.572e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 RFLNA-204ENST00000545615 449 ntTSL 311.37□□□□□ -0.592e-12■■■■■ 63.1
SF3A3Q12874 DPP3-209ENST00000531863 2974 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.043e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 DPP3-211ENST00000532677 3078 ntTSL 1 (best) BASIC14.11□□□□□ -0.153e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 DPP3-215ENST00000541961 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.21□□□□□ -0.293e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 DPP3-205ENST00000530165 2251 ntTSL 2 BASIC12.5□□□□□ -0.413e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 DPP3-203ENST00000526515 547 ntTSL 311.76□□□□□ -0.533e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 DPP3-208ENST00000531354 733 ntTSL 210.35□□□□□ -0.753e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 DPP3-212ENST00000533725 595 ntTSL 49.91□□□□□ -0.823e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 DPP3-210ENST00000532019 561 ntTSL 48.61□□□□□ -1.033e-9■■■■■ 62.9
SF3A3Q12874 F2-202ENST00000442468 1031 ntTSL 318.35■□□□□ 0.533e-8■■■■■ 62.1
SF3A3Q12874 TCF7L2-208ENST00000369389 691 ntTSL 422.08■■□□□ 1.131e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 PES1-202ENST00000354694 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.241e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.131e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 01e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 PES1-205ENST00000405677 2708 ntTSL 2 BASIC14.23□□□□□ -0.131e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 PES1-203ENST00000402281 2760 ntTSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.231e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 HCFC1-203ENST00000444191 3624 ntTSL 513.13□□□□□ -0.311e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-223ENST00000629706 1755 ntTSL 1 (best) BASIC12.52□□□□□ -0.411e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-230ENST00000637574 933 ntTSL 311.8□□□□□ -0.521e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 PES1-206ENST00000406208 871 ntTSL 511.29□□□□□ -0.61e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-227ENST00000636585 495 ntTSL 410.78□□□□□ -0.681e-9■■■■■ 62
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SF3A3Q12874 TCF7L2-204ENST00000352065 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.89□□□□□ -0.831e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-221ENST00000545257 2160 ntTSL 1 (best) BASIC9.67□□□□□ -0.861e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-216ENST00000534894 3778 ntTSL 1 (best) BASIC8.59□□□□□ -1.031e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-220ENST00000543371 4037 ntTSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.111e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-209ENST00000369395 1541 ntTSL 1 (best) BASIC7.93□□□□□ -1.141e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-218ENST00000538897 4000 ntTSL 1 (best) BASIC7.26□□□□□ -1.251e-9■■■■■ 62
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SF3A3Q12874 TCF7L2-210ENST00000369397 3802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.58□□□□□ -1.361e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-222ENST00000627217 3680 ntTSL 1 (best) BASIC6.52□□□□□ -1.371e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-217ENST00000536810 3953 ntTSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.371e-9■■■■■ 62
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SF3A3Q12874 TCF7L2-226ENST00000636447 550 ntTSL 42.49□□□□□ -2.011e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 TCF7L2-228ENST00000637321 430 ntTSL 52.45□□□□□ -2.021e-9■■■■■ 62
SF3A3Q12874 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC14.3□□□□□ -0.121e-17■■■■■ 61.8
SF3A3Q12874 ALDOA-214ENST00000564688 613 ntTSL 510.66□□□□□ -0.75e-73■■■■■ 61.8
SF3A3Q12874 SARS2-211ENST00000598831 665 ntTSL 5 BASIC10.65□□□□□ -0.71e-17■■■■■ 61.8
SF3A3Q12874 ALDOA-218ENST00000566146 365 ntTSL 1 (best)8.01□□□□□ -1.135e-73■■■■■ 61.8
SF3A3Q12874 TNS3-210ENST00000469470 584 ntTSL 312.41□□□□□ -0.422e-9■■■■■ 61.7
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SF3A3Q12874 TMEM205-214ENST00000591677 628 ntTSL 215.51■□□□□ 0.075e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.165e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.165e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.165e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-203ENST00000585722 1147 ntTSL 214.05□□□□□ -0.165e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 RAB3D-202ENST00000589655 924 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.265e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-206ENST00000586701 563 ntTSL 513.12□□□□□ -0.315e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.315e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.315e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-210ENST00000588560 840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.7□□□□□ -0.385e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-209ENST00000588321 1310 ntTSL 512.65□□□□□ -0.385e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.5□□□□□ -0.415e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-204ENST00000586218 593 ntTSL 2 BASIC11.41□□□□□ -0.585e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-213ENST00000590788 393 ntTSL 310.31□□□□□ -0.765e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-215ENST00000592952 428 ntTSL 59.44□□□□□ -0.95e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 TMEM205-212ENST00000590482 619 ntTSL 58.97□□□□□ -0.975e-7■■■■■ 61.6
SF3A3Q12874 IFT88-202ENST00000351808 2856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.058e-10■■■■■ 61.5
SF3A3Q12874 IFT88-204ENST00000461115 1440 ntTSL 210.86□□□□□ -0.678e-10■■■■■ 61.5
SF3A3Q12874 IFT88-201ENST00000319980 3091 ntTSL 1 (best) BASIC7.88□□□□□ -1.158e-10■■■■■ 61.5
SF3A3Q12874 IFT88-207ENST00000537103 2590 ntTSL 56.08□□□□□ -1.448e-10■■■■■ 61.5
SF3A3Q12874 RNU2-7P-201ENST00000410794 178 ntBASIC1.98□□□□□ -2.098e-10■■■■■ 61.5
SF3A3Q12874 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.963e-7■■■■■ 61.3
SF3A3Q12874 BCKDK-208ENST00000567530 1796 ntTSL 520.4■□□□□ 0.863e-7■■■■■ 61.3
SF3A3Q12874 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.783e-7■■■■■ 61.3
SF3A3Q12874 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC19.7■□□□□ 0.743e-7■■■■■ 61.3
SF3A3Q12874 BCKDK-207ENST00000566568 2558 ntTSL 517.48■□□□□ 0.393e-7■■■■■ 61.3
SF3A3Q12874 BCKDK-204ENST00000394951 2164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.323e-7■■■■■ 61.3
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