Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
HOXA1P49639 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
HOXA1P49639 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HOXA1P49639 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1
HOXA1P49639 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA1P49639 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA1P49639 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA1P49639 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HOXA1P49639 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA1P49639 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA1P49639 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
HOXA1P49639 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA1P49639 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
HOXA1P49639 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA1P49639 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA1P49639 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA1P49639 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA1P49639 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA1P49639 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA1P49639 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
HOXA1P49639 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA1P49639 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA1P49639 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC21.28■■□□□ 1
HOXA1P49639 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA1P49639 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
HOXA1P49639 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA1P49639 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA1P49639 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA1P49639 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
HOXA1P49639 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXA1P49639 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.4 ms