Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPL28P46779 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPL28P46779 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPL28P46779 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
RPL28P46779 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
RPL28P46779 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPL28P46779 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPL28P46779 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPL28P46779 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPL28P46779 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPL28P46779 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
RPL28P46779 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPL28P46779 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
RPL28P46779 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPL28P46779 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPL28P46779 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPL28P46779 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPL28P46779 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
RPL28P46779 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPL28P46779 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPL28P46779 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPL28P46779 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPL28P46779 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPL28P46779 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
RPL28P46779 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPL28P46779 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPL28P46779 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPL28P46779 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPL28P46779 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
RPL28P46779 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
RPL28P46779 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPL28P46779 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPL28P46779 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
RPL28P46779 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPL28P46779 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPL28P46779 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
RPL28P46779 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPL28P46779 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
RPL28P46779 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPL28P46779 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPL28P46779 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
RPL28P46779 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
RPL28P46779 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
RPL28P46779 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPL28P46779 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
RPL28P46779 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
RPL28P46779 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPL28P46779 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPL28P46779 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPL28P46779 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPL28P46779 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
RPL28P46779 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPL28P46779 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPL28P46779 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
RPL28P46779 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPL28P46779 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
RPL28P46779 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPL28P46779 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPL28P46779 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
RPL28P46779 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPL28P46779 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPL28P46779 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
RPL28P46779 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPL28P46779 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPL28P46779 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPL28P46779 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPL28P46779 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
RPL28P46779 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPL28P46779 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPL28P46779 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPL28P46779 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
RPL28P46779 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
RPL28P46779 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPL28P46779 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPL28P46779 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPL28P46779 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPL28P46779 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPL28P46779 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPL28P46779 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
RPL28P46779 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPL28P46779 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
RPL28P46779 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
RPL28P46779 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPL28P46779 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPL28P46779 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPL28P46779 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
RPL28P46779 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPL28P46779 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17■□□□□ 0.31
RPL28P46779 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
RPL28P46779 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPL28P46779 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPL28P46779 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
RPL28P46779 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1150 ms