Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
PTPN9P43378 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
PTPN9P43378 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
PTPN9P43378 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.96
PTPN9P43378 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
PTPN9P43378 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
PTPN9P43378 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 1149.5 ms