Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
MSX2P35548 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
MSX2P35548 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
MSX2P35548 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
MSX2P35548 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
MSX2P35548 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
MSX2P35548 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSX2P35548 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSX2P35548 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
MSX2P35548 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSX2P35548 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
MSX2P35548 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSX2P35548 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSX2P35548 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSX2P35548 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
MSX2P35548 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSX2P35548 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
MSX2P35548 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
MSX2P35548 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
MSX2P35548 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
MSX2P35548 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSX2P35548 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSX2P35548 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSX2P35548 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
MSX2P35548 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSX2P35548 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSX2P35548 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSX2P35548 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
MSX2P35548 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
MSX2P35548 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSX2P35548 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
MSX2P35548 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSX2P35548 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
MSX2P35548 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSX2P35548 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
MSX2P35548 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.57
MSX2P35548 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSX2P35548 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSX2P35548 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSX2P35548 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
MSX2P35548 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSX2P35548 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
MSX2P35548 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
MSX2P35548 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSX2P35548 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSX2P35548 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
MSX2P35548 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
MSX2P35548 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
MSX2P35548 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSX2P35548 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSX2P35548 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSX2P35548 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
MSX2P35548 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSX2P35548 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSX2P35548 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSX2P35548 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
MSX2P35548 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSX2P35548 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
MSX2P35548 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
MSX2P35548 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
MSX2P35548 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX2P35548 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX2P35548 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX2P35548 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX2P35548 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
MSX2P35548 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSX2P35548 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
MSX2P35548 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSX2P35548 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSX2P35548 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
MSX2P35548 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSX2P35548 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSX2P35548 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSX2P35548 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSX2P35548 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
MSX2P35548 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSX2P35548 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSX2P35548 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSX2P35548 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSX2P35548 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
MSX2P35548 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSX2P35548 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSX2P35548 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSX2P35548 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
MSX2P35548 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSX2P35548 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
MSX2P35548 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSX2P35548 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSX2P35548 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSX2P35548 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSX2P35548 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
MSX2P35548 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms