Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CPSF4O95639 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CPSF4O95639 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CPSF4O95639 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CPSF4O95639 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CPSF4O95639 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms