Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SDCBPO00560 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
SDCBPO00560 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SDCBPO00560 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
SDCBPO00560 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
SDCBPO00560 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms