Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NKX2-4Q9H2Z4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
NKX2-4Q9H2Z4 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NKX2-4Q9H2Z4 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NKX2-4Q9H2Z4 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
NKX2-4Q9H2Z4 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
NKX2-4Q9H2Z4 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
NKX2-4Q9H2Z4 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
NKX2-4Q9H2Z4 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
NKX2-4Q9H2Z4 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
NKX2-4Q9H2Z4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
NKX2-4Q9H2Z4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
NKX2-4Q9H2Z4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms