Protein–RNA interactions for Protein: Q9ESN2

Trim39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, mousemouse

Predictions only

Length 488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim39Q9ESN2 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Trim39Q9ESN2 Agap3-201ENSMUST00000024123 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim39Q9ESN2 Ssx2ip-202ENSMUST00000106149 2416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim39Q9ESN2 Adgrb1-203ENSMUST00000185682 2744 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Trim39Q9ESN2 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
Trim39Q9ESN2 Cldnd1-201ENSMUST00000023426 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim39Q9ESN2 Efna3-201ENSMUST00000029673 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
Trim39Q9ESN2 Gm266-201ENSMUST00000010673 1215 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Kdm2a-203ENSMUST00000116571 2413 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Galnt10-202ENSMUST00000108846 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Macrod2-205ENSMUST00000110063 845 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Dennd5a-202ENSMUST00000106722 4862 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Trim39Q9ESN2 Kcnq5-206ENSMUST00000173404 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Cds2-203ENSMUST00000110158 1247 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Runx3-202ENSMUST00000119564 1855 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Arhgap22-201ENSMUST00000111955 2148 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Hoxa13-201ENSMUST00000047993 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Susd4-202ENSMUST00000153348 1898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Gm6345-201ENSMUST00000180378 1691 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Mfsd5-201ENSMUST00000051341 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Sowahd-201ENSMUST00000060057 1574 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Ccdc122-202ENSMUST00000095625 1195 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim39Q9ESN2 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Aard-201ENSMUST00000090025 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Fam120a-201ENSMUST00000060805 5105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Tmeff1-202ENSMUST00000123476 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Ssbp3-202ENSMUST00000072753 1924 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Guf1-201ENSMUST00000031113 1769 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 A530058N18Rik-207ENSMUST00000152254 1211 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Smarcc1-203ENSMUST00000197480 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Arx-202ENSMUST00000113947 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 CT030161.2-201ENSMUST00000218666 735 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Arl2bp-201ENSMUST00000034228 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Ctnnd2-201ENSMUST00000081728 5944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Trim39Q9ESN2 Rnf220-212ENSMUST00000221654 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Fam220a-205ENSMUST00000169329 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Gm10762-201ENSMUST00000099385 1133 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Kansl2-201ENSMUST00000023727 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Atp5a1-202ENSMUST00000114748 2674 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
Trim39Q9ESN2 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Tsc22d1-204ENSMUST00000110888 4999 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Ttc19-202ENSMUST00000101075 2193 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Mast2-203ENSMUST00000106485 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Mast2-204ENSMUST00000106486 5723 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Rheb-201ENSMUST00000030787 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Ctbp1-201ENSMUST00000079746 2279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Smurf1-201ENSMUST00000085684 5343 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Zfp787-201ENSMUST00000094870 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Amer2-203ENSMUST00000225247 2662 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Gm43445-201ENSMUST00000198564 2091 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Efemp2-201ENSMUST00000070118 1781 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Fbxo6-201ENSMUST00000030858 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Mpp6-203ENSMUST00000166318 2222 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trim39Q9ESN2 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Lrrc4b-201ENSMUST00000058667 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 1700016A09Rik-201ENSMUST00000192004 835 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Tbx1-201ENSMUST00000009241 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Lpcat4-201ENSMUST00000028554 2275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim39Q9ESN2 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 63.5 ms