Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SCN2AQ99250 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SCN2AQ99250 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SCN2AQ99250 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SCN2AQ99250 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SCN2AQ99250 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
SCN2AQ99250 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 134.4 ms