Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SKA1Q96BD8 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SKA1Q96BD8 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC27.01■■□□□ 1.92
SKA1Q96BD8 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SKA1Q96BD8 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SKA1Q96BD8 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
SKA1Q96BD8 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 121.9 ms