Protein–RNA interactions for Protein: Q8IXS2

CCDC65, Coiled-coil domain-containing protein 65, humanhuman

Predictions only

Length 484 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC65Q8IXS2 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC65Q8IXS2 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.33
CCDC65Q8IXS2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC65Q8IXS2 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC65Q8IXS2 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC65Q8IXS2 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC65Q8IXS2 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC65Q8IXS2 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC65Q8IXS2 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC65Q8IXS2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC65Q8IXS2 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
CCDC65Q8IXS2 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.38■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
CCDC65Q8IXS2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CCDC65Q8IXS2 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
CCDC65Q8IXS2 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms