Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY11

Col28a1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col28a1Q2UY11 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Sept11-208ENSMUST00000202308 1792 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Col28a1Q2UY11 Aspscr1-201ENSMUST00000026135 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Phf23-205ENSMUST00000135814 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Irx4-201ENSMUST00000022095 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Acvr2b-202ENSMUST00000165044 2093 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Lmo2-201ENSMUST00000111139 1434 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Rcan1-202ENSMUST00000060005 2324 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Zfp358-201ENSMUST00000061508 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Dapk3-202ENSMUST00000178422 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Panx2-202ENSMUST00000161372 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Col28a1Q2UY11 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Xkr7-201ENSMUST00000037235 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Gm960-204ENSMUST00000225896 2202 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 St7-202ENSMUST00000052113 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Clk2-202ENSMUST00000121212 2154 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Arhgdia-201ENSMUST00000067936 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Sec63-201ENSMUST00000019937 6032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Col28a1Q2UY11 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Fam69b-201ENSMUST00000074240 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Maz-204ENSMUST00000206254 2282 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Pdia5-201ENSMUST00000023550 1808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Col28a1Q2UY11 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Nr2f6-201ENSMUST00000002466 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Cited2-203ENSMUST00000219558 2411 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 AC153890.1-201ENSMUST00000220021 2469 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Smurf1-202ENSMUST00000100461 2725 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Isoc1-201ENSMUST00000025503 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Fam241a-201ENSMUST00000057198 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col28a1Q2UY11 Gpr12-201ENSMUST00000036211 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 Stau2-210ENSMUST00000149320 2214 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 Tm6sf1-201ENSMUST00000041890 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 E2f1-201ENSMUST00000000894 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 E030037K01Rik-201ENSMUST00000180928 1756 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 Cdc14b-207ENSMUST00000221634 1953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 Dcaf15-202ENSMUST00000210279 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 Fam220a-206ENSMUST00000196487 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
Col28a1Q2UY11 A730013G03Rik-202ENSMUST00000195012 2097 ntBASIC23.52■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Peg12-201ENSMUST00000094339 2640 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Pon2-201ENSMUST00000057792 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Syt7-201ENSMUST00000073899 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Ica1-201ENSMUST00000038403 2075 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Mpp6-202ENSMUST00000036236 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Slc39a13-201ENSMUST00000073575 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Dapk3-201ENSMUST00000047665 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Col28a1Q2UY11 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Fam60a-203ENSMUST00000111562 906 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Zfp513-202ENSMUST00000114590 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Mkrn1-202ENSMUST00000051671 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Det1-201ENSMUST00000032839 2269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Orai1-201ENSMUST00000051016 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Zbtb12-201ENSMUST00000052778 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Nhlrc1-201ENSMUST00000052747 2294 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Otud5-205ENSMUST00000115668 2543 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
Col28a1Q2UY11 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.4 ms