Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 MAPK3-209ENST00000478356 961 ntTSL 58.94□□□□□ -0.982e-10■■■■■ 69.2
SF3A3Q12874 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.611e-7■■■■■ 68.5
SF3A3Q12874 TRIOBP-202ENST00000344404 7300 ntTSL 213.81□□□□□ -0.21e-7■■■■■ 68.5
SF3A3Q12874 TRIOBP-204ENST00000406386 10129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.42□□□□□ -0.421e-7■■■■■ 68.5
SF3A3Q12874 ACAP3-213ENST00000493992 326 ntTSL 519.39■□□□□ 0.691e-24■■■■■ 68
SF3A3Q12874 KRTCAP2-206ENST00000487350 785 ntTSL 1 (best)19.4■□□□□ 0.72e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.092e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-207ENST00000490672 3264 ntTSL 213.56□□□□□ -0.242e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-205ENST00000482246 414 ntTSL 313.41□□□□□ -0.262e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 AL713999.1-201ENST00000473363 753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.28□□□□□ -0.282e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-204ENST00000471891 578 ntTSL 311.76□□□□□ -0.532e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-209ENST00000492892 430 ntTSL 310.77□□□□□ -0.692e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-210ENST00000497317 477 ntTSL 310.29□□□□□ -0.762e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-208ENST00000491084 598 ntTSL 310.2□□□□□ -0.782e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 KRTCAP2-202ENST00000461136 271 ntTSL 33.51□□□□□ -1.852e-9■■■■■ 67.6
SF3A3Q12874 CALR-205ENST00000587486 957 ntTSL 214.85□□□□□ -0.036e-17■■■■■ 67.4
SF3A3Q12874 CALR-207ENST00000590325 781 ntTSL 213.18□□□□□ -0.36e-17■■■■■ 67.4
SF3A3Q12874 TAOK2-206ENST00000570844 1721 ntTSL 219.79■□□□□ 0.766e-14■■■■■ 67.2
SF3A3Q12874 RANBP3-222ENST00000591333 557 ntTSL 413.53□□□□□ -0.243e-17■■■■■ 67.2
SF3A3Q12874 RANBP3-213ENST00000587956 512 ntTSL 512.35□□□□□ -0.433e-17■■■■■ 67.2
SF3A3Q12874 ANKLE2-203ENST00000505031 2861 ntTSL 311.92□□□□□ -0.54e-19■■■■■ 66.7
SF3A3Q12874 ANKLE2-202ENST00000439231 1725 ntTSL 310.96□□□□□ -0.654e-19■■■■■ 66.7
SF3A3Q12874 ANKLE2-211ENST00000545623 1288 ntTSL 37.52□□□□□ -1.214e-19■■■■■ 66.7
SF3A3Q12874 ANKLE2-205ENST00000538591 886 ntTSL 37.02□□□□□ -1.294e-19■■■■■ 66.7
SF3A3Q12874 ANKLE2-204ENST00000535036 741 ntTSL 56.47□□□□□ -1.374e-19■■■■■ 66.7
SF3A3Q12874 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.233e-10■■■■■ 66.4
SF3A3Q12874 ZNF316-203ENST00000614588 939 ntTSL 319.08■□□□□ 0.643e-10■■■■■ 66.4
SF3A3Q12874 ZNF316-202ENST00000427912 520 ntTSL 312.76□□□□□ -0.373e-10■■■■■ 66.4
SF3A3Q12874 TTLL3-220ENST00000452823 579 ntTSL 36.49□□□□□ -1.372e-6■■■■■ 65.6
SF3A3Q12874 PIK3C2A-203ENST00000531428 1593 ntTSL 1 (best)15.54■□□□□ 0.085e-12■■■■■ 65.5
SF3A3Q12874 PIK3C2A-201ENST00000265970 8227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.94□□□□□ -1.35e-12■■■■■ 65.5
SF3A3Q12874 CPSF1-204ENST00000529288 588 ntTSL 211.19□□□□□ -0.624e-33■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-208ENST00000498406 1957 ntTSL 220.07■□□□□ 0.85e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-201ENST00000357730 2168 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.715e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-206ENST00000476667 1671 ntTSL 519.2■□□□□ 0.665e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-209ENST00000492434 592 ntTSL 318.97■□□□□ 0.635e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-210ENST00000528803 524 ntTSL 418.77■□□□□ 0.65e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-204ENST00000471073 1809 ntTSL 218.3■□□□□ 0.525e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.515e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.45e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-205ENST00000471723 653 ntTSL 317.49■□□□□ 0.395e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.335e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-203ENST00000466670 1080 ntTSL 516.58■□□□□ 0.245e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.035e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-205ENST00000372310 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.43□□□□□ -0.15e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.215e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 SLC6A9-207ENST00000475075 1881 ntTSL 2 BASIC13.06□□□□□ -0.325e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 THAP7-207ENST00000488975 507 ntTSL 512.37□□□□□ -0.435e-10■■■■■ 65.4
SF3A3Q12874 CNOT1-207ENST00000565605 739 ntTSL 48.68□□□□□ -1.022e-9■■■■■ 65.3
SF3A3Q12874 VPS25-201ENST00000253794 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.317e-86■■■■■ 64.7
SF3A3Q12874 VPS25-203ENST00000589520 639 ntTSL 310.44□□□□□ -0.747e-86■■■■■ 64.7
SF3A3Q12874 VPS25-205ENST00000590339 668 ntTSL 29.39□□□□□ -0.917e-86■■■■■ 64.7
SF3A3Q12874 CHTF18-213ENST00000498439 673 ntTSL 215.16■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 64.6
SF3A3Q12874 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.331e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.291e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.821e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 PDLIM7-206ENST00000463411 1015 ntTSL 219.77■□□□□ 0.761e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 GRAMD1A-214ENST00000603907 450 ntTSL 219.25■□□□□ 0.671e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-204ENST00000463860 1639 ntTSL 218.59■□□□□ 0.571e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 TPRN-201ENST00000333046 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 218.25■□□□□ 0.511e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 PPP6R1-204ENST00000587457 2389 ntTSL 217.37■□□□□ 0.371e-9■■■■■ 64.3
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SF3A3Q12874 CBX2-203ENST00000571484 567 ntTSL 1 (best)16.36■□□□□ 0.211e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.191e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 SAFB-204ENST00000586934 995 ntTSL 516.23■□□□□ 0.191e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A1-213ENST00000497156 715 ntTSL 215.72■□□□□ 0.111e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 BCAM-203ENST00000588603 904 ntTSL 215.18■□□□□ 0.021e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-203ENST00000452699 3981 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.78□□□□□ -0.041e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 TPRN-203ENST00000477345 3350 ntTSL 1 (best)14.69□□□□□ -0.061e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 CCDC180-210ENST00000529487 5242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.081e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-213ENST00000510069 962 ntTSL 514.22□□□□□ -0.131e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.141e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-201ENST00000326735 3840 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.221e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 TMEM94-228ENST00000583296 569 ntTSL 212.6□□□□□ -0.391e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-210ENST00000508222 562 ntTSL 411.92□□□□□ -0.51e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 SAFB-214ENST00000592707 940 ntTSL 211.91□□□□□ -0.51e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 CCDC180-205ENST00000487976 3084 ntTSL 1 (best)11.83□□□□□ -0.521e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 AL512590.3-204ENST00000529787 5586 ntTSL 211.64□□□□□ -0.551e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A1-212ENST00000496082 698 ntTSL 411.57□□□□□ -0.561e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 PYGL-203ENST00000530336 1459 ntTSL 1 (best)11.49□□□□□ -0.571e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 RFWD3-209ENST00000575154 547 ntTSL 311.3□□□□□ -0.61e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 AL512590.3-203ENST00000532526 5330 ntTSL 211.29□□□□□ -0.61e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 TMEM94-227ENST00000583071 581 ntTSL 311.06□□□□□ -0.641e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A2-214ENST00000511957 569 ntTSL 510.75□□□□□ -0.691e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 CCDC180-207ENST00000526038 7884 ntTSL 510.52□□□□□ -0.731e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 AL512590.3-202ENST00000534123 6463 ntTSL 2 BASIC10.29□□□□□ -0.761e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 AL512590.3-201ENST00000375206 6269 ntTSL 29.6□□□□□ -0.871e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 FANCD2-210ENST00000470757 547 ntTSL 29.33□□□□□ -0.921e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 ATP13A1-206ENST00000471063 373 ntTSL 28.79□□□□□ -11e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 CCDC180-212ENST00000530551 665 ntTSL 28.56□□□□□ -1.041e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 HELZ-202ENST00000417253 1872 ntTSL 57.53□□□□□ -1.21e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 FANCD2-201ENST00000287647 5219 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.46□□□□□ -1.211e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 FANCD2-211ENST00000480909 603 ntTSL 27.31□□□□□ -1.241e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 HELZ-208ENST00000580662 758 ntTSL 36.11□□□□□ -1.431e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 FANCD2-203ENST00000419585 5185 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC6.06□□□□□ -1.441e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 FANCD2-202ENST00000383807 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC5.52□□□□□ -1.531e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 SAFB-212ENST00000592396 620 ntTSL 45.24□□□□□ -1.571e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 FANCD2-204ENST00000421731 3425 ntTSL 1 (best)4.83□□□□□ -1.641e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 TPRN-204ENST00000541945 130 ntTSL 42.94□□□□□ -1.941e-9■■■■■ 64.3
SF3A3Q12874 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.876e-10■■■■■ 63.4
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