Protein–RNA interactions for Protein: P0CW19

LIMS3, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3P0CW19 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMS3P0CW19 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMS3P0CW19 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMS3P0CW19 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIMS3P0CW19 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
LIMS3P0CW19 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMS3P0CW19 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMS3P0CW19 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.4 ms