Protein–RNA interactions for Protein: O95716

RAB3D, Ras-related protein Rab-3D, humanhuman

Predictions only

Length 219 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RAB3DO95716 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
RAB3DO95716 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
RAB3DO95716 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
RAB3DO95716 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
RAB3DO95716 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
RAB3DO95716 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
RAB3DO95716 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
RAB3DO95716 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
RAB3DO95716 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
RAB3DO95716 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
RAB3DO95716 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39 ms