Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CPSF4O95639 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CPSF4O95639 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CPSF4O95639 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CPSF4O95639 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF4O95639 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CPSF4O95639 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CPSF4O95639 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.2 ms