Protein–RNA interactions for Protein: O95476

CTDNEP1, CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1O95476 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.16■■■□□ 2.58
CTDNEP1O95476 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CTDNEP1O95476 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.15■■■□□ 2.58
CTDNEP1O95476 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CTDNEP1O95476 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CTDNEP1O95476 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC31.12■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC31.07■■■□□ 2.57
CTDNEP1O95476 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC31.05■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC31.05■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
CTDNEP1O95476 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC30.96■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.55
CTDNEP1O95476 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC30.94■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.93■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC30.92■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.92■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.91■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC30.91■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC30.89■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.89■■■□□ 2.54
CTDNEP1O95476 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.87■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.87■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.86■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.86■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC30.85■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC30.85■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.84■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.82■■■□□ 2.53
CTDNEP1O95476 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC30.82■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.81■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.81■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC30.8■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.8■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.79■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC30.79■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC30.78■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
CTDNEP1O95476 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CTDNEP1O95476 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CTDNEP1O95476 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
CTDNEP1O95476 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.75■■■□□ 2.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.3 ms