Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufa12-204ENSMUST00000179990 566 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Dxo-201ENSMUST00000046244 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43859-201ENSMUST00000200075 1412 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Akr1a1-201ENSMUST00000030455 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp697-201ENSMUST00000056096 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp4f13-201ENSMUST00000075253 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Hcn2-201ENSMUST00000020581 3089 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Ank1-202ENSMUST00000084038 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem164-201ENSMUST00000087333 5149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Etv2-201ENSMUST00000108147 1048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Mcl1-202ENSMUST00000178686 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8520-201ENSMUST00000186517 868 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf22-203ENSMUST00000219981 1070 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Fam49b-207ENSMUST00000228226 1896 ntAPPRIS P1 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 D030062O11Rik-201ENSMUST00000192660 2806 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Ptpmt1-203ENSMUST00000125001 3183 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Samd10-201ENSMUST00000060173 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Wipi2-202ENSMUST00000110778 1959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Bmpr1b-202ENSMUST00000098568 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr41-202ENSMUST00000159647 2289 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Wdr41-206ENSMUST00000167155 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Gm20100-201ENSMUST00000209418 2272 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 A630072M18Rik-201ENSMUST00000190567 5410 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 2610035F20Rik-202ENSMUST00000177306 1149 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Lhx1-204ENSMUST00000184646 1201 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Gm40460-201ENSMUST00000211591 735 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Tcap-201ENSMUST00000008021 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 5033417F24Rik-201ENSMUST00000181575 1787 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Arrb2-203ENSMUST00000102563 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10655-201ENSMUST00000098658 1397 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Cacul1-203ENSMUST00000166712 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Idnk-202ENSMUST00000109868 1462 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Arl6ip4-202ENSMUST00000122394 982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Rps2-ps3-201ENSMUST00000213102 832 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt14-201ENSMUST00000002881 734 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10065-201ENSMUST00000076238 345 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Kmt5b-216ENSMUST00000176926 1551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Chpt1-203ENSMUST00000117440 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Stx1a-201ENSMUST00000005509 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Lfng-201ENSMUST00000031555 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Foxj3-209ENSMUST00000162267 1391 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Dscam-201ENSMUST00000056102 7498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Naglu-201ENSMUST00000001802 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Uqcc2-201ENSMUST00000025045 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Areg-201ENSMUST00000031325 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
Ccdc3Q9D6Y1 Cacul1-202ENSMUST00000111460 5561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Otud1-201ENSMUST00000052168 2832 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnt1-203ENSMUST00000114172 5219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gatad1-201ENSMUST00000007559 2545 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6211-202ENSMUST00000167849 925 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10153-202ENSMUST00000210290 963 ntAPPRIS P1 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 1110004E09Rik-201ENSMUST00000023694 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Slc7a6os-201ENSMUST00000035925 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Cmc1-201ENSMUST00000044220 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Pop5-201ENSMUST00000081497 1025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Mael-201ENSMUST00000038782 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Nol4l-201ENSMUST00000035346 6399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 3010003L21Rik-201ENSMUST00000047953 1729 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Ltbp4-205ENSMUST00000121175 5118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxw2-206ENSMUST00000113080 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 6820408C15Rik-201ENSMUST00000039961 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk8-201ENSMUST00000031640 2973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Cdc37l1-205ENSMUST00000224599 1769 ntBASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16505-202ENSMUST00000220976 1626 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17098-201ENSMUST00000166507 628 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufa5-201ENSMUST00000023851 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Dcbld1-203ENSMUST00000218582 2795 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Disc1-204ENSMUST00000115885 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Disc1-202ENSMUST00000075730 2408 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Fmnl2-201ENSMUST00000049483 5461 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Capzb-204ENSMUST00000102508 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Gja3-201ENSMUST00000061614 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Etnk1-203ENSMUST00000204947 1791 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Fgf3-201ENSMUST00000105898 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Ern1-203ENSMUST00000106800 654 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Tspan2os-201ENSMUST00000146624 590 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Mylip-201ENSMUST00000038275 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Lhx8-201ENSMUST00000177846 2076 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Kirrel-201ENSMUST00000041732 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Bend7-204ENSMUST00000184139 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Ccdc3Q9D6Y1 Vav2-201ENSMUST00000056176 5221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 50.4 ms