Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC26.79■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
TRIM28Q13263 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRIM28Q13263 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRIM28Q13263 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
TRIM28Q13263 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
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