Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Doc2a-201ENSMUST00000064110 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Gxylt1-201ENSMUST00000049484 6611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Smim27-201ENSMUST00000129758 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Tecr-203ENSMUST00000165740 1120 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 2310068J16Rik-201ENSMUST00000188271 1124 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Rabac1-203ENSMUST00000205871 986 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 1700028I16Rik-201ENSMUST00000076984 1048 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Krt76-201ENSMUST00000100179 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Rcl1-201ENSMUST00000064393 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Tcf7l1-201ENSMUST00000069536 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Pdpk1-205ENSMUST00000115411 1724 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Ccdc3Q9D6Y1 Shq1-201ENSMUST00000089245 1638 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Agtpbp1-222ENSMUST00000171606 3037 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Il23a-201ENSMUST00000026449 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Dao-201ENSMUST00000086599 1525 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Cldn23-201ENSMUST00000060128 1848 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Smad2-205ENSMUST00000168423 2857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Dkk4-201ENSMUST00000033936 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 1810010K12Rik-201ENSMUST00000070378 1324 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Spsb3-203ENSMUST00000117890 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Pou2f2-210ENSMUST00000176408 1697 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Jmjd7-201ENSMUST00000044675 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Pou3f1-201ENSMUST00000053491 3849 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Stx2-202ENSMUST00000100680 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Baz1a-201ENSMUST00000038926 6188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Rbm15b-201ENSMUST00000055843 6511 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Olfm2-204ENSMUST00000217198 2005 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Lypla2-202ENSMUST00000105852 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 AC154266.1-201ENSMUST00000223190 503 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Stac-201ENSMUST00000035083 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Cracr2b-201ENSMUST00000053670 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Arl4d-201ENSMUST00000039388 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Ahsa2-201ENSMUST00000020529 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Pthlh-201ENSMUST00000052296 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem263-201ENSMUST00000095383 3616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Tgfbr3l-201ENSMUST00000110993 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gm53-201ENSMUST00000129907 1172 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Foxk1-202ENSMUST00000198422 687 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Rab34-209ENSMUST00000207728 567 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 CT030146.1-201ENSMUST00000220919 217 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Hikeshi-201ENSMUST00000075010 715 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Trpc1-201ENSMUST00000053785 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Hes1-201ENSMUST00000023171 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Eif2b4-203ENSMUST00000166769 1878 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Sost-201ENSMUST00000001534 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Ppt2-204ENSMUST00000168391 1342 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Eif1-201ENSMUST00000049385 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Metrn-202ENSMUST00000165838 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Mtus2-205ENSMUST00000110515 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Clta-201ENSMUST00000107845 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13146-201ENSMUST00000118508 780 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Lypla1-208ENSMUST00000150971 877 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Boll-203ENSMUST00000159398 658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gng5-201ENSMUST00000090031 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Cep170b-202ENSMUST00000101018 6641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Hr-203ENSMUST00000161069 5607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnph3-202ENSMUST00000118898 2168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Vegfa-207ENSMUST00000142351 1973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo22-204ENSMUST00000146201 2009 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Matk-205ENSMUST00000121205 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp710-204ENSMUST00000206039 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Tcp11-203ENSMUST00000114836 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11762-201ENSMUST00000135630 1705 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Dcbld1-201ENSMUST00000069004 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gssos2-201ENSMUST00000130859 727 ntTSL 3 BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43545-201ENSMUST00000196765 2779 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 B130046B21Rik-201ENSMUST00000181510 2216 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Prss32-201ENSMUST00000061725 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Ogfod2-202ENSMUST00000119269 1474 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gdf11-201ENSMUST00000026408 4062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Clasp2-211ENSMUST00000216817 2234 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Stxbp3-202ENSMUST00000106596 553 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Map1lc3b-203ENSMUST00000181521 775 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Gm38205-201ENSMUST00000192243 258 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 D130020L05Rik-202ENSMUST00000220889 769 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Vax2-201ENSMUST00000037807 1242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Fam3c-203ENSMUST00000163963 1617 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Nphp3-201ENSMUST00000035167 5899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Ak2-202ENSMUST00000102604 1781 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Mgat2-201ENSMUST00000060579 2614 ntAPPRIS P1 BASIC18.39■□□□□ 0.54
Ccdc3Q9D6Y1 Htra3-201ENSMUST00000087629 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Rab7-202ENSMUST00000113596 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16764-202ENSMUST00000148931 433 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Camkk2-202ENSMUST00000196742 1084 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6365-201ENSMUST00000054711 744 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Cers2-201ENSMUST00000015858 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Xylt1-201ENSMUST00000032892 9020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
Ccdc3Q9D6Y1 Spg7-211ENSMUST00000153285 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 43.6 ms