Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TRIM28Q13263 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
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