Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TRIM28Q13263 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
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