Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
TRIM28Q13263 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
TRIM28Q13263 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TRIM28Q13263 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms