Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
HIF3AQ9Y2N7 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HIF3AQ9Y2N7 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
HIF3AQ9Y2N7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
HIF3AQ9Y2N7 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
HIF3AQ9Y2N7 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
HIF3AQ9Y2N7 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
HIF3AQ9Y2N7 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
HIF3AQ9Y2N7 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HIF3AQ9Y2N7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HIF3AQ9Y2N7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HIF3AQ9Y2N7 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HIF3AQ9Y2N7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HIF3AQ9Y2N7 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms