Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
DDX56Q9NY93 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
DDX56Q9NY93 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.34■■■□□ 2.13
DDX56Q9NY93 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
DDX56Q9NY93 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
DDX56Q9NY93 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
DDX56Q9NY93 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
DDX56Q9NY93 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
DDX56Q9NY93 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
DDX56Q9NY93 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
DDX56Q9NY93 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
DDX56Q9NY93 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
DDX56Q9NY93 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
DDX56Q9NY93 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
DDX56Q9NY93 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
DDX56Q9NY93 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
DDX56Q9NY93 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
DDX56Q9NY93 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
DDX56Q9NY93 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
DDX56Q9NY93 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
DDX56Q9NY93 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
DDX56Q9NY93 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
DDX56Q9NY93 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
DDX56Q9NY93 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
DDX56Q9NY93 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
DDX56Q9NY93 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
DDX56Q9NY93 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
DDX56Q9NY93 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
DDX56Q9NY93 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
DDX56Q9NY93 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.8 ms