Protein–RNA interactions for Protein: Q9NWW5

CLN6, Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 6, humanhuman

Predictions only

Length 311 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN6Q9NWW5 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CLN6Q9NWW5 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLN6Q9NWW5 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CLN6Q9NWW5 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CLN6Q9NWW5 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CLN6Q9NWW5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CLN6Q9NWW5 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CLN6Q9NWW5 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CLN6Q9NWW5 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CLN6Q9NWW5 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CLN6Q9NWW5 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CLN6Q9NWW5 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CLN6Q9NWW5 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CLN6Q9NWW5 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLN6Q9NWW5 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLN6Q9NWW5 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLN6Q9NWW5 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CLN6Q9NWW5 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms