Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
CCDC3Q9BQI4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
CCDC3Q9BQI4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
CCDC3Q9BQI4 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC3Q9BQI4 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
CCDC3Q9BQI4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
CCDC3Q9BQI4 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CCDC3Q9BQI4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CCDC3Q9BQI4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms