Protein–RNA interactions for Protein: Q96RL7

VPS13A, Vacuolar protein sorting-associated protein 13A, humanhuman

Predictions only

Length 3,174 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS13AQ96RL7 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
VPS13AQ96RL7 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.76■■■□□ 2.03
VPS13AQ96RL7 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS13AQ96RL7 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
VPS13AQ96RL7 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
VPS13AQ96RL7 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS13AQ96RL7 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS13AQ96RL7 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
VPS13AQ96RL7 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
VPS13AQ96RL7 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
VPS13AQ96RL7 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.53■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC27.52■■■□□ 2
VPS13AQ96RL7 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
VPS13AQ96RL7 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS13AQ96RL7 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS13AQ96RL7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS13AQ96RL7 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS13AQ96RL7 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS13AQ96RL7 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS13AQ96RL7 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS13AQ96RL7 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS13AQ96RL7 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS13AQ96RL7 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS13AQ96RL7 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms