Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SKA1Q96BD8 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SKA1Q96BD8 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
SKA1Q96BD8 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SKA1Q96BD8 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SKA1Q96BD8 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SKA1Q96BD8 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SKA1Q96BD8 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SKA1Q96BD8 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC27.55■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.53■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SKA1Q96BD8 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SKA1Q96BD8 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.43■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
SKA1Q96BD8 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
SKA1Q96BD8 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
SKA1Q96BD8 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC27.26■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
SKA1Q96BD8 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.22■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms