Protein–RNA interactions for Protein: Q8NHS4

CLHC1, Clathrin heavy chain linker domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 586 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLHC1Q8NHS4 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
CLHC1Q8NHS4 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
CLHC1Q8NHS4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CLHC1Q8NHS4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CLHC1Q8NHS4 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CLHC1Q8NHS4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CLHC1Q8NHS4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CLHC1Q8NHS4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CLHC1Q8NHS4 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.1 ms