Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC28AQ8IWP9 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 OLFM1-208ENST00000392991 1057 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC28AQ8IWP9 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 FMR1-219ENST00000621453 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 MPND-201ENST00000262966 1567 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD60-201ENST00000457363 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 TAF5L-202ENST00000366674 492 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 UBE2M-201ENST00000253023 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC28AQ8IWP9 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC28AQ8IWP9 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CCDC28AQ8IWP9 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CCDC28AQ8IWP9 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 143.3 ms