Protein–RNA interactions for Protein: Q8IVD9

NUDCD3, NudC domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUDCD3Q8IVD9 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUDCD3Q8IVD9 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUDCD3Q8IVD9 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC26.9■■□□□ 1.9
NUDCD3Q8IVD9 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NUDCD3Q8IVD9 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
NUDCD3Q8IVD9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
NUDCD3Q8IVD9 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUDCD3Q8IVD9 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NUDCD3Q8IVD9 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NUDCD3Q8IVD9 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NUDCD3Q8IVD9 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUDCD3Q8IVD9 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NUDCD3Q8IVD9 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
NUDCD3Q8IVD9 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NUDCD3Q8IVD9 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
NUDCD3Q8IVD9 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
NUDCD3Q8IVD9 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
NUDCD3Q8IVD9 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.47■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
NUDCD3Q8IVD9 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
NUDCD3Q8IVD9 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
NUDCD3Q8IVD9 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
NUDCD3Q8IVD9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
NUDCD3Q8IVD9 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
NUDCD3Q8IVD9 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
NUDCD3Q8IVD9 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms