Protein–RNA interactions for Protein: Q7RTT3

SSX9, Protein SSX9, humanhuman

Predictions only

Length 188 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SSX9Q7RTT3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SSX9Q7RTT3 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SSX9Q7RTT3 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSX9Q7RTT3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SSX9Q7RTT3 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC21.89■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
SSX9Q7RTT3 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SSX9Q7RTT3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SSX9Q7RTT3 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSX9Q7RTT3 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSX9Q7RTT3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SSX9Q7RTT3 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SSX9Q7RTT3 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
SSX9Q7RTT3 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
SSX9Q7RTT3 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms