Protein–RNA interactions for Protein: Q62318

Trim28, Transcription intermediary factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim28Q62318 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 Tgfbr1-205ENSMUST00000126171 1829 ntTSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 March2-205ENSMUST00000173015 1418 ntTSL 3 BASIC34.11■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 Tlx1-201ENSMUST00000026236 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 Tspan3-201ENSMUST00000034876 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 Fam136a-201ENSMUST00000071492 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 Paip1-203ENSMUST00000126957 1731 ntTSL 5 BASIC34.08■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
Trim28Q62318 Macrod1-201ENSMUST00000040261 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Capns1-201ENSMUST00000001845 1600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Plpp2-201ENSMUST00000063879 1654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Qrich1-209ENSMUST00000194385 975 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC34.04■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Gm6658-202ENSMUST00000209493 1885 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Rhobtb3-202ENSMUST00000109606 1676 ntTSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Dtnbp1-201ENSMUST00000072329 1362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Cdk2ap1-201ENSMUST00000031341 1315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Reep6-203ENSMUST00000105355 2127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Reep6-204ENSMUST00000105357 2127 ntTSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Gm7334-201ENSMUST00000061681 1356 ntAPPRIS P1 BASIC34.01■■■■□ 3.04
Trim28Q62318 Raly-202ENSMUST00000058089 1747 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Raly-204ENSMUST00000116389 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Smarcc2-205ENSMUST00000218228 603 ntTSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Tnfsfm13-201ENSMUST00000108649 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 1110008F13Rik-201ENSMUST00000029165 1045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Akt1s1-202ENSMUST00000107880 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Junos-204ENSMUST00000128094 830 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 1810026B05Rik-202ENSMUST00000184554 782 ntTSL 3 BASIC33.97■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Gm527-201ENSMUST00000058135 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
Trim28Q62318 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
Trim28Q62318 Mthfd2l-203ENSMUST00000202781 688 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
Trim28Q62318 Gm5814-201ENSMUST00000177586 378 ntAPPRIS P1 BASIC33.91■■■■□ 3.02
Trim28Q62318 1810026B05Rik-206ENSMUST00000187421 519 ntTSL 3 BASIC33.91■■■■□ 3.02
Trim28Q62318 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC33.9■■■■□ 3.02
Trim28Q62318 Znrf3-202ENSMUST00000143746 1022 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Gm24970-201ENSMUST00000175582 82 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Crip2-201ENSMUST00000084882 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 C2cd4d-201ENSMUST00000169433 1321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Tpm1-216ENSMUST00000113707 1898 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Stard3nl-210ENSMUST00000222869 1030 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Hmx1-201ENSMUST00000087674 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Pfn2-202ENSMUST00000119344 1879 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Gm30346-201ENSMUST00000218641 1699 ntBASIC33.84■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 Gm20503-201ENSMUST00000174664 1294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
Trim28Q62318 AC150314.2-201ENSMUST00000214135 834 ntTSL 5 BASIC33.8■■■■□ 3
Trim28Q62318 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
Trim28Q62318 Dut-202ENSMUST00000082122 1020 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
Trim28Q62318 Dlx6os2-201ENSMUST00000178206 1354 ntBASIC33.79■■■■□ 3
Trim28Q62318 Fcnaos-201ENSMUST00000127642 1351 ntTSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Lactb-201ENSMUST00000034929 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Tmem243-201ENSMUST00000115365 1040 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.74■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.74■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.72■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Gnas-207ENSMUST00000109085 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Egr3-201ENSMUST00000035908 1509 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.99
Trim28Q62318 Ywhaq-202ENSMUST00000103002 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.7■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Tcte2-204ENSMUST00000130033 1462 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Rab7-204ENSMUST00000113598 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Pradc1-202ENSMUST00000113770 610 ntTSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Gng13-201ENSMUST00000115108 347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Mxra7-202ENSMUST00000047715 757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.69■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Triobp-206ENSMUST00000130663 1660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.65■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC33.65■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 Pitpna-205ENSMUST00000179445 1665 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.64■■■□□ 2.98
Trim28Q62318 C1qtnf5-201ENSMUST00000114815 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 Eif4e2-203ENSMUST00000113230 1569 ntTSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.61■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC33.6■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 Phf10-201ENSMUST00000024657 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
Trim28Q62318 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC33.56■■■□□ 2.96
Trim28Q62318 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC33.55■■■□□ 2.96
Trim28Q62318 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC33.54■■■□□ 2.96
Trim28Q62318 Cebpb-201ENSMUST00000070642 1504 ntAPPRIS P1 BASIC33.54■■■□□ 2.96
Trim28Q62318 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
Trim28Q62318 A530058N18Rik-204ENSMUST00000141209 709 ntTSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 Fam117a-201ENSMUST00000037502 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.5■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 Mrps7-201ENSMUST00000058109 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 Gjc1-201ENSMUST00000068933 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 A430072P03Rik-201ENSMUST00000161480 1510 ntTSL 1 (best) BASIC33.48■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 A530058N18Rik-208ENSMUST00000131299 1387 ntTSL 2 BASIC33.46■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC33.46■■■□□ 2.95
Trim28Q62318 Ring1-201ENSMUST00000025183 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.45■■■□□ 2.94
Trim28Q62318 Tbcel-204ENSMUST00000128959 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.44■■■□□ 2.94
Trim28Q62318 Fkbp8-202ENSMUST00000119353 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
Trim28Q62318 Rbm17-201ENSMUST00000040314 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.43■■■□□ 2.94
Trim28Q62318 Nelfe-204ENSMUST00000173357 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
Trim28Q62318 Hoxd8-201ENSMUST00000019749 2634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
Trim28Q62318 Smad7-202ENSMUST00000168918 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
Trim28Q62318 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC33.37■■■□□ 2.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.2 ms