Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC32.79■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC32.78■■■□□ 2.84
VPS53Q5VIR6 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC32.73■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC32.71■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC32.7■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC32.7■■■□□ 2.83
VPS53Q5VIR6 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
VPS53Q5VIR6 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
VPS53Q5VIR6 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
VPS53Q5VIR6 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.61■■■□□ 2.81
VPS53Q5VIR6 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC32.6■■■□□ 2.81
VPS53Q5VIR6 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC32.58■■■□□ 2.81
VPS53Q5VIR6 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC32.58■■■□□ 2.81
VPS53Q5VIR6 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.57■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC32.55■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC32.55■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC32.54■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC32.53■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC32.53■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC32.52■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC32.52■■■□□ 2.8
VPS53Q5VIR6 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC32.5■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.48■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.48■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC32.47■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.47■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC32.46■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.46■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.45■■■□□ 2.79
VPS53Q5VIR6 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC32.44■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC32.43■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC32.43■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.42■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC32.41■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC32.41■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.4■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC32.39■■■□□ 2.78
VPS53Q5VIR6 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC32.38■■■□□ 2.77
VPS53Q5VIR6 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC32.37■■■□□ 2.77
VPS53Q5VIR6 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.34■■■□□ 2.77
VPS53Q5VIR6 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
VPS53Q5VIR6 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
VPS53Q5VIR6 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
VPS53Q5VIR6 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.33■■■□□ 2.77
VPS53Q5VIR6 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.32■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC32.3■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC32.29■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.29■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC32.28■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.28■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC32.27■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC32.27■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.26■■■□□ 2.76
VPS53Q5VIR6 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.26■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC32.24■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC32.23■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC32.23■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC32.23■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.22■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC32.21■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC32.2■■■□□ 2.75
VPS53Q5VIR6 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC32.18■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.18■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC32.16■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC32.16■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC32.15■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC32.14■■■□□ 2.74
VPS53Q5VIR6 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC32.14■■■□□ 2.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms