Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHRNEQ04844 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHRNEQ04844 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHRNEQ04844 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHRNEQ04844 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHRNEQ04844 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CHRNEQ04844 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHRNEQ04844 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHRNEQ04844 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHRNEQ04844 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CHRNEQ04844 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CHRNEQ04844 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
CHRNEQ04844 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHRNEQ04844 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CHRNEQ04844 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CHRNEQ04844 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CHRNEQ04844 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CHRNEQ04844 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHRNEQ04844 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CHRNEQ04844 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CHRNEQ04844 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHRNEQ04844 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CHRNEQ04844 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CHRNEQ04844 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.4 ms