Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF4O95639 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF4O95639 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
CPSF4O95639 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
CPSF4O95639 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF4O95639 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
CPSF4O95639 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
CPSF4O95639 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF4O95639 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF4O95639 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CPSF4O95639 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 AL355297.4-201ENST00000603191 1249 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.45■■□□□ 1.67
CPSF4O95639 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CPSF4O95639 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CPSF4O95639 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CPSF4O95639 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms